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中小企业想要选出最合适自己的ERP系统，最好的方法在于先学习ERP系统相关知识，让自己有能力判断哪一家的ERP系统最适合自己，或者借助有经验的第三方咨询公司来开展选型工作。
除了ERP系统功能的比较外，还有几个重要的判断基准:
1. 该ERP系统是否建立在标准架构上?
2. 该ERP系统是否能便宜地定制修改?
3. 该ERP系统是否功能完整且易学易用?
4. 该ERP系统需要多少拥有成本?
5. 该ERP系统参考用户的反应如何?
6. 该ERP系统是否能持续升级?
以下分别作出说明:
1、是否建立在标准架构上?
ERP系统若不具备标准架构，则不在我们的考虑范围之内，因为一个“不标准”的ERP，一般情况下或许可用，但在特殊情况下可能就会出问题;现在或许可用，公司扩大后可能就不再适用。就好像建筑物，结构很重要，有的房屋外表美观，平常也看不出什么问题，大地震一来就跨了。所以选择ERP要注意它的实质内涵，而非花哨的外观或噱头。
通常，财务会计系统的标准较无问题，每一种ERP系统都会考虑;制造系统的标准则非所有ERP都能做到。所谓标准是经实际验证并广为众人采用的观念或作法。例如，MPS/MRP计算逻辑有一定标准，从总需求(GR， gross requirement)到净需求(NR， net requirement)到计划订单收料(PORC， planned order receipt)再到计划订单发出(POR， planned order release)，其间的批量法则(LSR， lot sizing rule)、安全时间(ST， safety time)、冲销时间(OT， offset time)、前置时间冲销(lead-time offset)等作法及行动报告(action report)、可答应量(ATP， available to promise)等的处理，甚至于需求时栅(DTF， demand time fence)、计划时栅(PTF ， planning time fence)等的考虑，或者是计划材料表(planning BOM)、订单组装(ATO， assemble-to-order)等功能，数十年来全球学术界及企业界的经验已经累积成一个标准，ERP系统若未遵照此标准，还继续沿用“土法炼钢”的方式算出基本的MRP结果，一旦环境稍有变化其不适应性便会暴露无疑。
例如接到特殊订单就无法处理了。根据标准架构设计ERP系统和前面说过的“杀鸡用牛刀”是两回事的。就像建筑物，不考虑自己的需求盲目采用国外大型建筑物，结果发现浪费空间、不合适本土气候、不符国人使用习惯等等，这是杀鸡用牛刀。若是采用国外已经建立的知识体系，例如结构学，盖一座适合本土环境使用的建筑物，这就不是“杀鸡用牛刀”了。ERP系统也是一样，所有国外知名的ERP系统全都建立在公认的标准上(好比结构学)，但功能面则以国外大型企业的需求为准(好比隔间装潢)，不一定适合国内企业使用。有许多本土ERP系统，纯粹由少数人的经验从少数个案系统演变而成，而非一开始就根据标准ERP架构设计，这就好比违章建筑，整栋建筑物是陆续加盖完成的，并非一开始就有完整的设计，这种建筑物并不可靠。最适合本土企业的ERP系统，是建立在国际标准架构上的本土ERP系统。
2、是否能便宜的定制修改?
这里所谓定制修改，是指当公司有特殊需求时在套装软件系统上修改或新增特殊的功能。定制和成本及升级有关，定制越多成本越高且越难升级。
没有一个公司是能够不定制就使用ERP系统的。每一个公司都有独特的作业方式，每一位部门领导都有不同的信息需求，除非ERP套装软件所提供的作法优于使用者的实务，否则ERP系统还是需要定制修改的。
站在ERP公司的立场当然希望客户不要定制，因此会以种种方法(例如昂贵的报价)来限制使用者定制。避免过度定制是正确的，但合理的定制开发是必要的。什么是过度定制?例如用户坚持过去的不合理作业流程而要求修改某些ERP系统功能，或坚持过去习惯而要求修改ERP系统已有的类似功能，这种不当的或无谓的修改对用户及ERP厂商而言都是浪费。
合理的定制是必要的，因此在选择ERP系统时不能只比较软件金额，也要比较定制成本。用户可以列出该公司主要作业流程及所需报表请ERP厂商展示，若必须定制则请厂商列出时间、单价及金额。在评估阶段若能估计关键流程的定制成本，到了实施阶段就不必担心超出预算，因为最关键的定制项目厂商已经报出时间及单价，所以不怕厂商在其他定制项目上漫天要价。
3、功能是否完整且易学易用?
功能完整的ERP系统所需的定制不应超过5%，假设实施ERP全套系统共5000支程式，定制的部份不应超过250支。
公司规模越大，所需定制就越高。实施ERP除了定制外，另一个更大的开销就是顾问费。因此另一个重点就是ERP系统是否易学易用。越容易学的系统，顾问费就越低，会反应在厂商的报价中。功能完整和易学易用有时是矛盾的，但也不尽然。功能完整的ERP系统，若包含足够的线上帮助文档，例如标准作业程式、作业说明、字段栏位说明、教材、展示系统等，也可以是易学易用的。
ERP系统的整体成本在导入后的维护阶段花费最多，因此，利用线上文档持续作教育训练对ERP的成本效益帮助很大。
4、需要多少拥有成本?
未来，商业套装软件的授权成本占总拥有成本(cost of ownership)的比例将变得非常的小，因此，在评估ERP系统成本时不能只考虑软件价格，而要考虑“拥有成本”。拥有成本包括:软件授权、定制费、顾问费、硬件成本、及维护成本，其中，维护成本占最大部份。以使用5年来计算，若公司信息中心系统维护人员共5人，每年的用人费用就要10万以上，加上软件维护费、硬件维护费、使用者教育训练费等等，非常可观。所以，几十万的软件授权费实在不是决策的重点，决策的重点是:要花多少钱才能维持ERP系统的运作。也就是要多少信息系统专业人员及多少教育训练费用。这些费用要怎么估算呢?最好的方法就是去问正在使用该系统的用户。
5、参考用户的反应如何?
如果向ERP厂商索取参考用户名单，得到的往往是模范生，并不能代表多数使用者的反应。最好是自己去找，找到ERP的用户并不难，尤其是卖得很多的系统。系统卖得多不一定就比较好，就算不错也不一定适合自己。用户常常是边用边骂，后悔没能够仔细评估。假如选择了真正适用的系统，我们又何必加入边用边骂的行列呢?参访用户的重点除了系统功能外还应包括使用阶段所需投入的人力成本。
6、是否能升级?
这里所谓升级包括新功能及系统修补(patch)。信息技术日新月异，若无法持续升级，很可能实施完毕还来不及使用就已经落伍了。就算不管新的信息技术，哪一家ERP系统没有bug(漏洞)?每一家都有!若不能持续升级，只有注定永远与“虫”为伍了。
升级和定制往往是矛盾的，许多ERP用户因为修改系统而无法升级，这是不对的。评选ERP系统应选择可以同时定制与升级的系统。有些软件商“号称”做得到，因此必须要求厂商拿出具体方案，我们可以看得出这方案的可行性。当然，最好的方法还是找到其他用户，看看他们是不是有在持续的升级。
